Na het melken is het belangrijk om de melkinstallatie te reinigen. De melkinstallatie bevat vaak resten melk en opgedroogde melk. Melkresten bevatten vetten, eiwitten en bacteriën. Reinigen met alleen water is niet voldoende om de bacteriegroei te remmen. Het is dan ook belangrijk om een alkalisch reinigingsmiddel te gebruiken om het vuil los te maken en te verwijderen. Eenmaal per week kan een zuur middel gebruikt worden om melksteen te verwijderen. Een desinfectiemiddel wordt gebruikt om bacteriën te doden.